ヒノキ科ヒノキ属の針葉樹。人工林として多く植栽されている。
ヒノキは日本と台湾にのみ分布する。日本では本州中部（福島県）以南から九州まで分布する。大きいものは30mを越えることが知られている。台湾本島にはタイワンヒノキ（台湾扁柏、 Chamaecyparis obtusa var. formosana）という変種が分布している。また、中国では檜（桧）はビャクシン属を指す。日本では木曾に樹齢450年のものが生息しているのが最高であるが、台湾では樹齢2000年のものが生息している。
葉は鱗片状で枝に密着し、枝全体としては扁平で、細かい枝も平面上に出る。同科のサワラ・ヒバ（アスナロ）・クロベ（ネズコ）等の葉と似るが、葉裏の気孔帯がY字状になっているのがヒノキである。雄花は枝先に1つずつつくが、小さくて目立たない。春に花粉を飛散させる。雌花は球形で枝先につき、熟すると鱗片にすき間ができる。その形はサッカーボールを思わせる形状である。樹皮は褐色で、帯状に剥がれる。
乾燥した場所を好み、天然のものは尾根すじの岩場などに見られる。植林する場合にはスギを谷側に、ヒノキを尾根側に植える。典型的な陰樹の特性を持ち、幼樹は日当たりを嫌う。建材を目的として植林されるが、樹皮も檜皮葺の材料に使われる。
ヒノキは、日本では建材として最高品質のものとされる。正しく使われたヒノキの建築では1000年を超える寿命を保つものがある。
日本では古くから建築用材として用いられる。既に古事記のスサノオ神話の中で、ヒノキを建材として使うことが示唆されている。特に寺院、神社の建築には必須で古くから利用された。飛鳥時代のヒノキ造りの建築はすぐれたものが多く、法隆寺は世界最古の木造建築物として今日までその姿をたもっているほか、主として奈良県内に存在する歴史的建築物はいずれもヒノキを建材としたことによって現存するといって過言でない。もっとも、大径材は奈良時代にすでに不足をきたしていた。
現在では、一般家庭でも多く使われ、特に和式の様式を持った建築物に高級材として使用される。
伊勢神宮では20年に1度、社を新しく建て替える式年遷宮と呼ばれる行事が行われ、大量のヒノキ材が必要となる。古くは伊勢国のヒノキを使用していたが、次第に不足し三河国や美濃国からも調達するようになった。18世紀には木曽山を御杣山と正式に定め、ここから本格的にヒノキを調達するようになった。
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明治時代になって、調達の困難さが明治天皇にまで伝わるところとなり、恒久的な調達を可能にするため神宮備林においてヒノキを育成することになった。さらに大正時代に入り伊勢神宮周辺に広がる宮域林においてヒノキを育成することになり植林を行った。これらの植林計画は、樹齢200年以上のヒノキを育成することを目標としており、長期的展望に立った計画である。
また、この時期、台湾を統治した日本は、変種のタイワンヒノキや同属異種のタイワンベニヒノキ（Chamaecyparis formosensis）の大木を求めて、森林鉄道を敷設して、日本本土にも輸送を行い、一部は神社建築にも使用した。
木曽山の神宮備林は1947年に廃止され国有林に編入されたため、その後はこの国有林からヒノキを購入して式年遷宮を行っている。伊勢神宮の式年遷宮後、前回の式年遷宮で使用されたヒノキ材は日本全国の神社に配布され、新たな神社の社殿となる。
ヒノキは、全国に生産地があり、各地に有名木材が存在する。この為、有名木材に見せかけた産地偽装が多い品目の一つである。これを防止するため、生産から流通を一貫している特定の業者に対し認証制度を制定している県もある。
ヒノキの名称は、「すぐ火がつく」から「火の木」となったとの説もある（錐もみ法で火を付けるときにヒノキを用いることも多い）が、上代特殊仮名遣いによると、ヒノキの「ひ」は甲音であるのに対して、火の「ひ」は乙音なので、上代特殊仮名遣いを前提とするならば、この説は妥当ではない。
樹木から採取される精油成分に「ヒノキチオール」と命名されているものがあるが、日本産のヒノキには「ヒノキチオール」は含まれていない。これはタイワンヒノキから分離されたのが最初であったためである。日本ではヒバから採っている。
ヒノキ科の樹種としては、日本ではヒノキの他にサワラ・ヒバ（アスナロ）・クロベ・イブキ（ビャクシン）などが知られている。また、中国原産のコノテガシワ、地中海沿岸のイトスギ、北米のアラスカヒノキなどもヒノキ科の樹木である。なお、最近の分類では従来のスギ科（スギ・セコイア・メタセコイアなど）もヒノキ科に統合する考え方も提示されている。
ヒノキ科は、中生代に登場した起源の古い植物群で、現在は日本のスギの他、アメリカ大陸のセコイア、中国のメタセコイア、コウヨウザンなどが遺存的に分布している。